แม้จะเชื่อกันว่าผงโกโก้มีคุณประโยชน์มากมาย แต่ก็จำเป็นต้องรอการวิจัยมาสนับสนุนผลลัพธ์ที่กล่าวมามากขึ้น ดังนั้น ผู้บริโภคควรศึกษาค้นคว้าข้อมูลทางโภชนาการเกี่ยวกับผงโกโก้และรับประทานโกโก้ในปริมาณที่พอดีในแต่ละวัน ซึ่งหากไม่แน่ใจก็ควรปรึกษาแพทย์ถึงการบริโภคในปริมาณและรูปแบบที่ถูกต้องก่อนเสมอ เพื่อไม่ให้เกิดผลข้างเคียงที่อาจกระทบต่อสุขภาพได้
เนื่องจากผงโกโก้มีส่วนประกอบของคาเฟอีนและสารเคมีอื่น ๆ ที่เกี่ยวข้อง หากบริโภคในปริมาณมากก็อาจทำให้เกิดผลข้างเคียง เช่น รู้สึกกังวลใจ ปัสสาวะเพิ่มมากขึ้น นอนไม่หลับ หัวใจเต้นเร็ว เป็นต้น และสำหรับผู้ที่กำลังตั้งครรภ์หรือผู้ที่ให้นมบุตร การรับประทานโกโก้อาจมีความปลอดภัยหากรับประทานในปริมาณที่พอเหมาะหรือปริมาณปกติที่พบได้ในมื้ออาหาร อย่างไรก็ตาม ควรระมัดระวังไม่รับประทานจนมากเกินไปเนื่องจากคาเฟอีนในโกโก้อาจเป็นอันตรายต่อแม่และเด็กได้
สำหรับผู้ที่อยู่ในภาวะต่อไปนี้ควรระมัดระวังในการบริโภคผงโกโก้เป็นพิเศษ
– โรคหัวใจ คาเฟอีนในโกโก้อาจทำให้ผู้ที่มีปัญหาเกี่ยวกับหัวใจบางรายเกิดอาการใจสั่น อีกทั้งยังเพิ่มอัตราการเต้นของหัวใจ และทำให้ผู้ที่หัวใจเต้นผิดปกติมีอาการแย่ลงได้ จึงควรบริโภคในปริมาณที่เหมาะสม โดยปริมาณโกโก้ที่แนะนำให้บริโภคต่อวัน คือ 19-54 กรัม ดาร์คช็อกโกแลตในปริมาณ 46-100 กรัมต่อวัน หรือผลิตภัณฑ์จากโกโก้ที่มีสารโพลีฟีนอลในปริมาณ 16.6-1080 มิลลิกรัมต่อวัน
– ความดันโลหิตสูง คาเฟอีนในโกโก้อาจเพิ่มความดันโลหิตในผู้ที่มีภาวะความดันโลหิตสูงได้ แต่สำหรับผู้ที่รับประทานคาเฟอีนในปริมาณมากอยู่แล้วอาจมีความดันโลหิตสูงชึ้นไม่มากนัก ทั้งนี้ ปริมาณโกโก้ที่แนะนำให้บริโภคต่อวันสำหรับผู้ที่มีปัญหาดังกล่าว คือ ควรรับประทานช็อกโกแลตหรือโกโก้ที่ให้สารโพลีฟีนอลแก่ร่างกายในปริมาณ 25-1,080 มิลลิกรัมต่อวัน
– โรคเบาหวาน น้ำตาลในผลิตภัณฑ์ที่ทำจากโกโก้อาจไปเพิ่มระดับน้ำตาลในเลือด รวมถึงรบกวนการควบคุมปริมาณน้ำตาลในเลือดของผู้ป่วยโรคเบาหวาน
– ภาวะเลือดออกผิดปกติ ผลิตภัณฑ์จากโกโก้อาจชะลอการแข็งตัวของเลือดซึ่งเพิ่มความเสี่ยงต่อภาวะเลือดออกผิดปกติ
– ต้อหิน คาเฟอีนในโกโก้อาจเพิ่มแรงดันภายในลูกตา ผู้ป่วยจึงควรระมัดระวังในการบริโภคโกโก้อยู่เสมอ
– กรดไหลย้อน โกโก้อาจไปขัดขวางการทำงานของหลอดอาหารจนส่งผลให้อาการของกรดไหลย้อนแย่ลงได้
– กลุ่มอาการลำไส้แปรปรวน และท้องเสีย หากมีการบริโภคสารคาเฟอีนจากผลิตภัณฑ์โกโก้ในปริมาณมากอาจทำให้ผู้ป่วยกลุ่มอาการลำไส้แปรปรวนและผู้ป่วยท้องเสียมีอาการแย่ลง
– ปวดหัวไมเกรน โกโก้อาจไปกระตุ้นให้เกิดอาการปวดหัวไมเกรนในผู้ที่ไวต่ออาการปวดได้
– โรคกระดูกพรุน สารคาเฟอีนจากโกโก้อาจทำให้ผู้ป่วยโรคกระดูกพรุนขับแคลเซียมออกมาทางปัสสาวะมากขึ้น จึงควรระมัดระวังในการรับประทานโกโก้อยู่เสมอ
– ผู้ป่วยที่ต้องเข้ารับการผ่าตัด การบริโภคโกโก้อาจรบกวนการควบคุมปริมาณน้ำตาลในเลือดในระหว่างและหลังการผ่าตัดได้ ดังนั้น ก่อนเข้ารับการผ่าตัดใด ๆ ผู้ป่วยควรหยุดรับประทานโกโก้เป็นระยะเวลาอย่างน้อย 2 สัปดาห์
– ภาวะวิตกกังวล คาเฟอีนจากโกโก้ในปริมาณมากอาจทำให้ผู้ป่วยประสบภาวะวิตกกังวลหรืออาการทรุดหนักลงได้